Fonctionnaire en arrêt maladie : les règles de 2026, de la consultation au contrôle

À qui s’adressent ces règles

Ce guide vise les fonctionnaires : titulaires et stagiaires, qu’ils relèvent de l’État, d’une collectivité territoriale ou d’un hôpital public. Leur arrêt de maladie ordinaire suit le statut, pas le régime des salariés du privé.

Le congé de maladie ordinaire (CMO) est le congé accordé quand une maladie empêche d’exercer ses fonctions. Sa durée totale est plafonnée à un an, apprécié sur 12 mois consécutifs (fonction-publique.gouv.fr, F490).

Autre différence avec le privé : la CPAM ne vous verse rien pendant ce congé. Votre paie continue d’arriver de votre administration, à un taux réduit.

Les contractuels de droit public suivent un autre régime. La CPAM leur verse des indemnités journalières, avec 3 jours de carence. Avec au moins 4 mois d’ancienneté, l’employeur maintient aussi une partie de leur rémunération (F491).

La rémunération pendant le congé

Pendant le CMO, l’administration verse 90 % du traitement indiciaire brut pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois (F490). Le traitement indiciaire est la part de la paie fixée par votre indice.

Jusqu’au 28 février 2025, le plein traitement s’appliquait à ces 3 premiers mois. La loi de finances pour 2025 a abaissé ce taux à 90 % à partir du 1er mars 2025 (A16333). Service-Public indique toujours ces taux dans sa fiche vérifiée le 1er septembre 2026 (F490).

Un compteur glissant sur 12 mois

Chaque jour d’arrêt est payé selon ce qui a déjà été consommé dans les 365 jours précédents (F490). Dès que 90 jours à 90 % figurent dans cette fenêtre, les jours suivants passent à 50 %.

Deux éléments ne baissent pas : l’indemnité de résidence et le supplément familial de traitement. La nouvelle bonification indiciaire, elle, suit le schéma 90 % puis 50 % (F490).

Le sort des primes varie selon le versant de la fonction publique. L’État applique le même schéma 90 % puis 50 %. Dans une collectivité territoriale, c’est une délibération qui fixe la règle (F490). Votre service RH peut vous la communiquer.

Un seul jour de carence

Le jour de carence est le premier jour de l’arrêt, non rémunéré. Dans la fonction publique, il ne dure qu’un jour par arrêt (F490). Les agents publics l’ont conservé lors de la réforme de 2025 ; les 3 jours de carence concernent le privé (A16333).

Ce jour compte quand même dans votre compteur, comme un jour payé à 90 % (F490).

Il ne s’applique pas dans plusieurs situations (F490, fonction-publique.gouv.fr) :

• un nouvel arrêt pour la même affection, sans reprise de plus de 48 heures entre les deux, par exemple une prolongation ;
• le congé de longue maladie et le congé de longue durée ;
• un arrêt pendant une grossesse déclarée, avant le congé de maternité ;
• un arrêt après le décès d’un enfant, ou après une interruption spontanée ou médicale de grossesse.

Exemple : Claire, 5 jours d’arrêt

Claire, adjointe administrative, perçoit 2 400 € de traitement indiciaire brut par mois. Un mois de paie compte 30 trentièmes : une journée représente donc 80 €. Elle n’a eu aucun arrêt depuis plus d’un an.

• Jour 1 : jour de carence, rien n’est versé.
• Jours 2 à 5 : 4 jours à 90 %, soit 4 × 72 € = 288 €.
• Sans arrêt, ces 5 jours auraient représenté 400 €. L’écart est de 112 € brut.

Ce qui a changé en 2025 et 2026

Beaucoup cherchent la « nouvelle loi » sur l’arrêt maladie des fonctionnaires. Voici les mesures en vigueur, avec leur source.

Mesure	En vigueur depuis	Source
Traitement à 90 % (au lieu de 100 %) les 3 premiers mois	1er mars 2025	A16333
Cerfa sécurisé obligatoire pour un arrêt papier	1er septembre 2026	A19030
Premier arrêt limité à 31 jours, prolongation à 62 jours, sauf justification médicale	1er septembre 2026	F490, A19030
Paie maintenue pendant une prolongation seulement si le bon prescripteur la fait	1er septembre 2026	F490, A19030
Contrôle administratif possible, paie interrompue en cas de refus ou d’absence injustifiée	1er septembre 2026	A19030
Réponse de l’employeur sous 30 jours à une demande de temps partiel thérapeutique	1er août 2026	A19030

Ces règles viennent du décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, publié le 31 juillet (fonction-publique.gouv.fr, A19030). Le jour de carence, lui, n’a pas changé (F490).

L’envoi de l’arrêt à l’administration

Le délai d’envoi est de 48 heures, prolongations comprises (F490). Avec un avis papier, les volets 2 et 3 vont à l’administration. Le volet 1 reste chez vous : il sert en cas de contre-visite ou d’examen par un médecin agréé (F490).

Après un premier envoi tardif, l’administration vous adresse un courrier. Si un autre retard survient dans les 24 mois, la paie entre l’établissement de l’arrêt et son envoi est divisée par deux (F490).

Une hospitalisation permet de dépasser les 48 heures. Hors hospitalisation, un délai de 8 jours vous est laissé pour prouver que l’envoi à temps était impossible (F490). Notre guide où envoyer son arrêt de travail compare ce circuit avec celui du privé.

Les contrôles pendant le congé

L’administration peut vous faire examiner à tout moment par un médecin agréé, c’est-à-dire un médecin habilité par l’administration. Cet examen est obligatoire au moins une fois après 6 mois consécutifs de congé. Si vous refusez, votre rémunération n’est plus versée (F490).

L’avis du médecin agréé peut être contesté devant le conseil médical, l’instance qui rend des avis sur les congés de santé (F490).

Depuis le 1er septembre 2026, un contrôle administratif peut aussi vérifier votre présence. Une absence injustifiée interrompt la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt (F490, A19030). Tout travail rémunéré est interdit pendant le congé, sauf activité prescrite pour une réadaptation (F490).

Les congés plus longs, en deux lignes

• Congé de longue maladie (CLM) : jusqu’à 3 ans, pour une maladie invalidante qui demande des soins prolongés (fonction-publique.gouv.fr).
• Congé de longue durée (CLD) : jusqu’à 5 ans, réservé à une liste fermée d’affections, dont les cancers et la tuberculose (fonction-publique.gouv.fr).

Ce que le statut change pour la consultation

Le médecin prescrit l’arrêt selon votre état de santé, quel que soit votre employeur. Il utilise le même formulaire que pour un salarié. Votre statut joue surtout sur l’après.

Vos missions réelles. Le médecin connaît rarement le contenu d’un poste public. Décrivez ce que vous faites : accueil du public, gardes de nuit, conduite, port de charges, écrans. Puis dites ce que vos symptômes empêchent, avec des exemples datés.

La prolongation. Votre paie n’est maintenue que si la prolongation vient de certains prescripteurs, sauf impossibilité justifiée. Ce sont le prescripteur initial, votre médecin traitant, une sage-femme ou un chirurgien-dentiste (F490). Si votre état ne s’améliore pas, prévoyez ce rendez-vous avant la fin de l’arrêt. Voir la prolongation d’un arrêt maladie.

La durée. Elle relève du seul médecin. Les plafonds sont expliqués dans notre guide sur la durée maximale d’un arrêt.

Un arrêt doit correspondre à un état de santé réel. Les contrôles décrits plus haut existent pour le vérifier. Pour préparer l’échange, notre méthode pour parler d’un arrêt à son médecin peut servir. Si vous cherchez un emploi après une fin de contrat, lisez plutôt l’arrêt maladie au chômage.

Et ensuite

1. Préparer la consultation : le questionnaire gratuit vous aide à décrire vos symptômes et leur effet sur vos missions.
2. Après la consultation : transmettez les volets 2 et 3 sous 48 heures et conservez le volet 1. Le suivi des échéances est possible sur DossierMalin.
3. Si l’arrêt doit continuer : préparez le rendez-vous avec notre outil prolongation, auprès du même prescripteur si possible.