Arrêt maladie d'un auto-entrepreneur : conditions, montant et démarches en 2026

Un régime proche de celui des artisans et commerçants

Un auto-entrepreneur, aussi appelé micro-entrepreneur, est rattaché à la CPAM pour sa santé. C’est elle qui verse les prestations maladie et les indemnités journalières (Urssaf).

Les indemnités journalières (IJ) sont une somme versée pour chaque jour d’arrêt. Pour la plupart des micro-entrepreneurs, elles suivent les règles des artisans et commerçants (ameli). Cela vaut aussi pour les professions libérales non réglementées.

Les professions libérales réglementées suivent d’autres règles, avec notamment une indemnisation limitée à 90 jours (F36708). Ce guide ne les détaille pas.

Un point ne change pas : l’arrêt reste une décision médicale. Le médecin décide seul, selon votre état de santé.

Les conditions pour être indemnisé

Plusieurs conditions doivent être réunies en même temps (ameli) :

• 12 mois d’affiliation continus dans votre activité ;
• une incapacité temporaire de poursuivre ou de reprendre votre activité ;
• un arrêt prescrit par le médecin qui la constate (ameli parle du médecin traitant) ;
• l’arrêt effectif de votre activité.

L’affiliation est votre rattachement à l’Assurance maladie au titre de votre activité. Si vous n’avez pas encore 12 mois, la caisse peut étudier vos droits au titre de votre activité précédente (ameli).

Un travailleur indépendant qui perçoit une pension d’invalidité n’a pas droit aux IJ de ce régime art. D622-2 CSS. S’il a aussi une activité salariée, des IJ du régime salarié restent possibles (question écrite n° 10499).

Le revenu minimum

Pour un micro-entrepreneur, une condition de revenu s’ajoute. On calcule d’abord le revenu d’activité annuel moyen, ou RAAM. C’est la moyenne de vos revenus sur les 3 années civiles avant l’arrêt (ameli). Une activité récente suit une autre règle, présentée plus bas.

Si ce RAAM est inférieur à 10 % de la moyenne du plafond de la Sécurité sociale sur ces 3 années, l’indemnité est nulle. Pour un arrêt commençant en 2026, ce seuil est de 4 582 € (ameli).

Le plafond de la Sécurité sociale (Pass) est un montant de référence fixé chaque année. Il vaut 48 060 € en 2026 (ameli).

Le calcul de l’indemnité

Du chiffre d’affaires au revenu retenu

Pour un auto-entrepreneur, le revenu pris en compte n’est pas le chiffre d’affaires brut. La caisse retire d’abord un abattement forfaitaire, c’est-à-dire un pourcentage fixe selon l’activité (ameli) :

• 71 % pour la vente de marchandises (BIC vente) ;
• 50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales (BIC prestations) ;
• 34 % pour les activités libérales (BNC).

Un chiffre d’affaires de vente de 10 000 € compte donc pour 2 900 € de revenu.

Le montant par jour

L’indemnité vaut 1/730e du RAAM (ameli, F36708). Les revenus sont plafonnés au Pass. L’indemnité ne dépasse donc pas 65,84 € brut par jour en 2026 (ameli, F36708).

Deux exemples

Léa, prestations de services (abattement de 50 %). Elle a déclaré 36 000 €, 40 000 € puis 44 000 € de chiffre d’affaires sur les 3 dernières années.

• Revenus retenus : 18 000 €, 20 000 € et 22 000 €.
• RAAM : 60 000 ÷ 3 = 20 000 €, au-dessus du seuil de 4 582 €.
• Indemnité : 20 000 ÷ 730 = 27,397…, soit environ 27,40 € brut par jour. Le centime exact dépend de l’arrondi appliqué par la caisse.
• Pour un arrêt de 14 jours : 3 jours de carence, puis 11 jours indemnisés, soit environ 301 € brut.

Marc, vente de marchandises (abattement de 71 %). Il déclare 15 000 € de chiffre d’affaires par an. Son revenu retenu est de 4 350 € par an. C’est moins que 4 582 € : son indemnité serait nulle (ameli).

Situation	Ce qui se passe
Moins de 12 mois d’affiliation	Pas d’IJ au titre de l’activité, sauf droits d’une activité précédente
RAAM sous 4 582 € (arrêt en 2026)	IJ nulle
RAAM entre le seuil et 48 060 €	IJ = RAAM ÷ 730
RAAM au-dessus de 48 060 €	IJ plafonnée à 65,84 € par jour
Arrêt constaté dans les 3 premières années civiles d’affiliation	IJ calculée sur le revenu ramené à un an
Pension d’invalidité, totale ou partielle	Pas d’IJ du régime des indépendants
3 premiers jours d’un arrêt	Carence : rien n’est versé

Sources : ameli, F36708, art. D622-2 et D622-7 CSS.

Activité commencée il y a moins de trois ans

La règle change si l’arrêt est constaté pendant vos trois premières années civiles d’affiliation art. D622-7 CSS. Ce sont l’année de votre début d’activité et les deux suivantes. Une activité commencée en juin 2023 suit donc le cas général pour un arrêt en 2026.

Dans ce cas, pas de moyenne sur 3 ans. Le texte retient le revenu soumis à cotisations, depuis le début jusqu’au constat médical. Il le ramène à une année : revenu ÷ (jours d’activité ÷ 365). Le calculateur en prend ensuite 1/730e, dans la limite du Pass, comme dans le cas général.

Inès, prestations de services (abattement de 50 %). Elle a commencé le 1er mars 2025. Son arrêt est constaté le 1er avril 2026, pendant sa deuxième année civile d’affiliation.

• Chiffre d’affaires : 30 000 € en 2025, puis 9 000 € jusqu’au 31 mars 2026.
• Revenus retenus : 15 000 € + 4 500 € = 19 500 €.
• Le calculateur retient 396 jours d’activité, du 1er mars 2025 à la veille du constat.
• Revenu ramené à un an : 19 500 × 365 ÷ 396 = 17 973,48 €.
• Indemnité : 17 973,48 ÷ 730 = 24,621…, soit environ 24,62 € brut par jour.

La condition des 12 mois d’affiliation reste exigée. L’article D622-7 ne fixe pas de seuil de revenu. Le calculateur applique celui de 4 582 € au revenu ramené à un an ; la caisse peut apprécier autrement.

Le délai de carence

Les IJ sont dues à partir du 4e jour d’arrêt (ameli). Les 3 premiers jours forment le délai de carence, une période sans indemnité.

Exemple de Service-Public : pour un arrêt du 13 au 25 novembre, les IJ sont versées à partir du 16 novembre (F36708).

Ce délai ne s’applique pas dans certains cas (ameli) :

• un nouvel arrêt après une reprise d’activité de 48 heures au plus ;
• une affection de longue durée (ALD), maladie grave ou chronique. Seul le premier arrêt lié à l’ALD subit la carence, sur une période de 3 ans ;
• un arrêt après une fausse couche.

Contrairement à un salarié, vous n’avez pas d’employeur pour compléter ces jours. Le guide sur la carence et l’indemnisation présente le cas des salariés.

Les démarches pendant l’arrêt

L’envoi à la CPAM

L’arrêt doit parvenir à la CPAM sous 48 heures (ameli). La plupart des arrêts sont transmis en ligne par le médecin. Sur papier, seul le formulaire sécurisé est accepté. Les scans et photocopies sont refusés (ameli).

Vous envoyez alors les volets 1 et 2 à la CPAM et conservez le volet 3. Si vous percevez l’allocation des travailleurs indépendants, le volet 3 va à France Travail (ameli). Voir où envoyer son arrêt de travail.

La CPAM verse ensuite les IJ tous les 14 jours en moyenne (ameli).

Pas d’activité pendant l’arrêt

Avoir arrêté votre activité est une condition des IJ (ameli). Pendant l’arrêt, vous ne facturez pas et ne réalisez pas de prestations, sauf autorisation de votre médecin.

Un arrêt doit correspondre à un état de santé réel. L’Assurance maladie contrôle les arrêts. Depuis le 19 septembre 2026, une sanction est possible contre une personne qui cherche à se faire prescrire un arrêt injustifié par son état de santé art. R147-6 CSS. Voir le contrôle d’un arrêt maladie et les sorties autorisées.

Les durées de prescription

Les règles de prescription sont celles de tous les assurés. Un premier arrêt ne dépasse pas 31 jours et chaque prolongation 62 jours, sauf justification du médecin (ameli). En téléconsultation, hors médecin traitant, l’arrêt est limité à 3 jours au total, renouvellement compris (A18975).

Micro-entreprise et emploi salarié en même temps

Beaucoup d’auto-entrepreneurs sont aussi salariés. On parle de polyactivité. Sur son forum des assurés, l’Assurance maladie indique qu’une indemnisation est possible au titre de chaque activité, si ses conditions sont remplies. Aucune page officielle consultée ne détaille ce cas : renseignez-vous auprès de votre caisse.

Chaque activité a sa propre règle de calcul. Côté salarié, les IJ reposent sur vos salaires. Côté micro-entreprise, elles reposent sur le RAAM. Pour un cas précis, la CPAM reste l’interlocuteur.

La prévoyance, un complément éventuel

Le régime obligatoire ne verse rien pendant la carence, ni sous le seuil de revenu. Certains indépendants ont un contrat de prévoyance individuel, souscrit auprès d’un assureur.

Ce contrat suit ses propres règles : délai avant versement, montant, durée, exclusions. Seules ses conditions écrites font foi. Si vous en avez un, relisez-les avant de déclarer l’arrêt.

Ce que la situation change pour la consultation

Votre statut ne justifie ni n’empêche un arrêt. Le médecin évalue votre état de santé et ses effets sur votre travail réel.

Or un indépendant a souvent un travail mal connu du médecin. Décrivez-le concrètement :

• vos gestes : port de charges, station debout, travail sur écran ;
• vos déplacements : conduite, chantiers, livraisons ;
• vos horaires et le fait de travailler seul, sans remplaçant.

Signalez aussi que vous êtes micro-entrepreneur, et salarié le cas échéant. Cela aide à remplir l’arrêt correctement. Notre méthode pour parler d’un arrêt de travail à son médecin peut vous aider.

Et ensuite

1. Préparer la consultation : le questionnaire gratuit vous aide à décrire vos symptômes et leur effet sur votre activité. La synthèse tient sur une page.
2. Après la consultation : vérifiez que l’arrêt part à la CPAM sous 48 heures, et suivez vos échéances avec DossierMalin.
3. Si l’arrêt doit continuer : préparez le rendez-vous avec notre outil prolongation.